При обновлении на версию ЗУП 3.1.29.21 в документе «Отражение удержанного НДФЛ в бухучете» стали сторнироваться суммы с существующих КБК и переноситься на «пустой» КБК. Причина оказалась в ошибке релиза. Исправляется установкой патча «EF_80000499_3».
Патч можно скачать на сайте 1С перейдя в свой релиз (в данном случаи ЗУП проф 3.2.29.21 по ссылке «Исправления ошибок версий«).
Далее скаченный патч устанавливается в разделе Администрирование -> Обслуживание -> Обновление программы -> Установка обновлений и исправлений (патчей).